Departemen Teknologi Pangan dan Hasil Pertanian (TPHP) Fakultas Teknologi Pertanian UGM mempunyai beberapa laboratorium yang digunakan untuk penelitian dalam rangka pengembangan ilmu maupun untuk peningkatan ketrampilan motorik (psikomotorik) para mahasiswa selama mengikuti pendidikan. Laboratorium tersebut adalah :
- Laboratorium Kimia dan Biokimia Pangan dan Hasil Pertanian (KBPHP). Laboratorium ini berfungsi untuk mengembangkan ilmu-ilmu yang berkaitan dengan aspek-aspek kimiawi seperti analisis kimiawi, fisiologi dan teknologi pascapanen, bahan tambahan makanan, kimia dan biokimia pangan terapan, termasuk pula pengujian mutu pangan dan hasil pertanian lainnya ditinjau dari aspek kimia. Nama-nama anggota Laboratorium ini adalah : Prof. Dr. Ir. Sri Raharjo, M.Sc; Dr. Ir. Sri Anggrahini, M.S.; Prof. Dr. Ir. Umar Santoso, M.Sc.; Dr. Ir. Djagal Wiseso Marseno, M.Agr.; Dr. Andriati Ningrum, STP, M.Agr., Widiastuti Setyaningsih, STP, M.Sc.
- Laboratorium Bioteknologi. Laboratorium ini berfungsi untuk mengembangkan ilmu-ilmu yang berkaitan dengan aspek-aspek biologis-mikrobiawi seperti misalnya analisa mikrobiologis pada hasil pertanian, fermentasi, enzim mikrobia, isolasi dan identifikasi mikrobia, mikrobiologi industri, mikrobiologi pangan dan pengolahan, termasuk pula penanganan limbah hasil pertanian dan rekayasa genetika. Nama-nama anggota Laboratorium yaitu : Prof. Dr. Ir. Endang Sutriswati Rahayu, M.S.; Dr. Ir. Sardjono, M.S.; Dr. Ir. Retno Indrati, M.Sc.; Dr. Ir. Tyas Utami, M.Sc.; Prof. Dr. Ir. Eni Harmayani, M.Sc.; Dr. FMC. Sigit Setyabudi, STP., MP; Lucia Dhiantika Witasari, S. Farm, M.Biotech.Apt. , Dr. Rachma Wikandari, STP.,M. Biotech.
- Laboratorium Pangan dan Gizi. Laboratorium ini berfungsi untuk mengembangkan ilmu-ilmu yang berkaitan dengan aspek gizi, misalnya gizi in vitro, bioassay, evaluasi gizi pangan, gizi masyarakat, gizi eksperimental, dll. Laboratorium ini dilengkapi dengan ruang untuk pengujian sensoris sebagai sarana untuk pengujian organoleptik. Nama-nama anggota Laboratorium yaitu : Prof. Dr. Ir. Mary Astuti, M.S.; Prof. Dr. Ir. Y. Marsono, M.S; Prof. Dr. Ir. Agnes Murdiati, M.S. ; Ir. Indyah Sulistyo Utami, M.S.; Dr. Ir. Priyanto Triwitono, M.P.; Zaki Utama, STP., MP.; Dwi Larasatie Nur Fibri, STP., MSc.; Fiametta Ayu Purwandari, S.TP, M.Sc.
- Laboratorium Rekayasa Proses. Laboratorium ini berfungsi untuk mengembangkan ilmu-ilmu yang berkaitan dengan aspek fisikawi, misalnya analisa sifat fisik, aktivitas air, kinetika keteknikan, perancangan pabrik pengolahan hasil pertanian, rancang bangun alat pengolahan, pengembangan produk-produk pangan dan hasil pertanian, dll. Laboratorium ini dilengkapi dengan “pilot plant” sebagai sarana untuk mengembangkan teknologi pengolahan dan penanganan berbagai komoditas pangan dan hasil pertanian, seperti misalnya unit pengolahan (refining) minyak, unit pengolahan susu kedelai, unit pengasapan, unit pengolahan jus buah, unit penyuling minyak atsiri, dan lain sebagainya. Nama-nama anggota Laboratorium yaitu : Dr. Ir. Sutardi, M.App.Sc.; Prof. Dr. Ir. E. Purnama Darmadji, M.Sc.; Prof. Dr. Ir. Supriyanto, M.S.; Dr. Ir. Supriyadi, M.Sc.; Dr. Ir. Chusnul Hidayat.; Prof. Dr.Yudi Pranoto, STP, M.P.; Bangun Prajanto Nusantoro, STP., M.Sc ; Dr. Riniyanti, STP., MP. ; Ir. Ag. Pamudji Rahardjo, MP.
- Laboratorium Pengelolaan Limbah. Laboratorium ini berfungsi untuk mengembangkan teknik pengolahan dan pemanfaatan limbah pangan dan hasil pertanian melalui penerapan ilmu mikrobiologi, kimia, dan rekayasa proses. Nama-nama anggota laboratorium adalah : Dr. Ir. M. Nur Cahyanto, M.Sc.; Ria Millati, ST., MT; Dian Anggraini, STP., MP.
- Laboratorium Latihan. Laboratorium ini berfungsi sebagai tempat pelaksanaan sebagian besar praktikum mahasiswa S-1. Pelaksanaan praktikum dilakukan secara bergantian sesuai jadwal parktikum yang sudah diatur oleh Koordinator praktikum Departemen TPHP. Penyelenggaraan praktikum yang tersentral di satu tempat yaitu di Laboratorium Latihan ini dimaksudkan untuk memberikan kesempatan bagi mahasiswa lain (program S-1, S-2 dan S-3) yang sedang mengerjakan penelitian skripsi, thesis ataupun disertasi tanpa terganggu oleh praktikum mahasiswa dan begitu juga sebaliknya. Hal ini karena jumlah mahasiswa (student body) mahasiswa departemen TPHP semakin bertambah banyak, sehingga diperlukan solusi yang menguntungkan berbagai pihak (win win solution).