Dalam Peraturan Pemerintah No. 60/1999 pasal 45 telah dinyatakan bahwa struktur organisasi fakultas terdiri atas (1) Unsur Pimpinan : Dekan dan Pembantu (Wakil) Dekan, (2) Senat Fakultas, (3) Pelaksana Akademik : Jurusan, Laboratorium dan Kelompok Dosen, (4) Pelaksana Administratif : Bagian Tata Usaha. Untuk menunjang kelancaran administrasi akademik, maka di Fakultas Teknologi Pertanian UGM ada Seksi Akademik dan Kemahasiswaan. Sejak 1 Januari 2000, Universitas Gadjah Mada ditetapkan menjadi Universitas berbadan hukum milik negara (BHMN) berdasarkan peraturan pemerintah No. 153/2000. Maka sejak itu terjadi perubahan tatanan di semua bidang secara bertahap termasuk organisasi mulai dari tingkat universitas sampai pada fakultas.